免疫沉淀（IP）利用抗体抗原特异性吸附，先把细胞裂解或其他复杂体系中的诱饵相关蛋白或其复合物富集下来；再经洗脱与前处理送至串联质谱分析，这一过程常被称为 IP-MS。与仅以 Western 检视少数抗原相比，它可以同时给出更系统的相互作用候选蛋白列表，并在 SILAC/iTRAQ/Label-free 等策略下推断特异富集的相对倍数——前提是实验对照与数据处理策略配套。

关键要点

IP-MS 在做什么？

典型路线：裂解 → 澄清 →抗体偶联固相免疫沉淀→ 多次洗涤稀释非特异 → 洗脱（变性或梯度）→ 还原烷基化 酶切 → C18 肽段分离 → DDA/DIA LC-MS/MS → 肽段打分与蛋白推断。抗体链、IgG pull-down、高丰度核糖体/角蛋白常是最常见干扰，需要在实验制备与离线分级上提前布局。

图 1. 特异免疫沉淀是把互作图谱读入质谱的第一步。

为什么实验室普遍采用 bottom-up？

完整蛋白较难直接自上而下鉴定；IP 洗脱量又常有限。酶切成肽段再经 LC 分离可把信号拆细，并利用经典搜库流水线完成蛋白推断。自上而下或 middle-down 多用于特定平台与问题，不占 IP-MS 主流。

图 2. 自下而上管线把富集组分转成可解释的肽谱证据。

局限性

1、IgG/RNA-binding 蛋白等黏附噪声必须用对照通道量化扣除。

2、过度变性洗脱可能影响酶效率；过分温和则可能残留去污剂毒害色谱柱。

3、动态范围限制了极低丰度互作：重复 + 预处理分级是基础。

4、命中名单需结合功能实验与orthogonal互作读出。

结果阅读速查表

图 3. 三重通道思想：诱饵特异、猎物增强、背景压低。

FAQ

1、IP-MS一定能找到新互作伙伴吗？

不保证。发现能力受诱饵表达、抗体表位遮蔽、瞬时互作、洗脱效率和仪器深度共同影响。

2、可以用标签抗体代替内源抗体吗？

可以。标签融合常与基因工程诱饵配合，能降低部分内源抗原不可获得的限制，但要注意标签遮蔽功能域的风险。

3、DDA 足够吗？

许多项目 DDA + 阴性对照可满足；更广动态或低丰度问题可升级到 DIA/更高分级或靶向 PRM/SRM。

4、GST pull-down 质谱算不算 IP-MS？

概念同属亲和富集后再质谱；区别在于「捕获分子」是多克隆抗体还是重组 GST 等非抗体模块——实验解读要相应调整背景定义。

5、IP-MS需要做生物学重复吗？

涉及发表或决策时强烈推荐，至少三重复才能更好地评估富集稳定性和假阳性漂移。

结论

IP 质谱 = 特异富集 × 蛋白酶切肽段鉴定 × （可选）相对定量。把免疫学层的”谁在复合物里“与质谱层的”我是谁“连在一起，可以快速扩大互作图谱，但只有通过严谨的阴性通道、重复的统计过滤与后续功能验证，列表里的蛋白才会真正成为可信的假说。根据对象选择 Co-IP-MS、pull-down MS、SILAC IP-MS 或交联补强，往往比拘泥单一路径更高效。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

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北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

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